肿瘤防治研究  2015, Vol. 42 Issue (3): 290-294
本刊由国家卫生和计划生育委员会主管,湖北省卫生厅、中国抗癌协会、湖北省肿瘤医院主办。
0

文章信息

许晶,杨琳,刘晓晴.2015.
XU Jing, YANG Lin, LIU Xiaoqing. 2015.
蛋白质组学在恶性胸腔积液研究中的应用
Application and Progress of Proteomic Technology on Malignant Pleural Effusion
肿瘤防治研究, 2015, 42(03): 290-294
Cancer Research on Prevention and Treatment, 2015, 42(03): 290-294
http://www.zlfzyj.com/CN/10.3971/j.issn.1000-8578.2015.03.017

文章历史

收稿日期:2014-04-28
修回日期:2014-07-31
蛋白质组学在恶性胸腔积液研究中的应用
许晶, 杨琳, 刘晓晴     
100071 北京,解放军第307医院肺部肿瘤内科
摘要:蛋白质组学的研究对象是生命活动的执行者——蛋白质,而恶性胸腔积液中富含蛋白质,尤 其是组织特异性、肿瘤相关性的蛋白,所以通过蛋白质组学研究恶性胸腔积液对于认识其蛋白谱、找 出疾病相关的生物标志物、发现病因有重要意义。本文主要从组成蛋白质组学及比较蛋白质组学两方 面,对近年来蛋白质组学在恶性胸腔积液中的研究进行综述。
关键词蛋白质组学     恶性胸腔积液     生物标志物    
Application and Progress of Proteomic Technology on Malignant Pleural Effusion
XU Jing, YANG Lin, LIU Xiaoqing     
Department of Lung Cancer, Affiliated Hospital of Academy of Military Medical Sciences,Beijing 100071, China
Abstract:The object of proteomics is the performer of our lives—protein, while the malignant pleural effusion contain abundant protein, especially tissue-specific protein and disease-related protein. Proteomic investigation on malignant pleural effusion is of great significance in recognizing its protein profile, exploring new disease-related biomarkers and finding pathogenesis. In this review we will summarize recent advance in proteomic investigation of pleural effusion on two aspects, knowledge-based proteomics and comparative proteomics.
Key words: Proteomics     Malignant pleural effusion     Biomarkers    
0 引言

胸腔积液的病因复杂,包括恶性肿瘤、肺 炎、结核感染、免疫系统疾病、肺栓塞、心衰、 肝肾疾病等[1,2]。在我国,渗出性胸腔积液中,恶 性肿瘤引起的胸腔积液仅次于结核性胸腔积液位 居第二[3]。当前,由于受到敏感度和特异性的制 约,通过现有手段诊断恶性胸水的假阴性率可高 达31.5%,这直接影响到患者疾病状态的评估、治 疗方案的选择及预后的判断。所以探寻高特异性 及敏感度的新生物标志物意义重大。

蛋白质组学是后基因组研究时代的重要内容[4], 现如今蛋白质组学已广泛应用于血液、胸腔积液等 各种体液的研究,为筛选疾病相关标志物提供了新 的契机。

本文主要归纳了近年来应用蛋白质组学发现 恶性胸腔积液中生物标志物的研究,主要从蛋白 质组学的两大前沿研究内容——组成蛋白质组学 和比较蛋白质组学两方面展开综述。 1 组成蛋白质组学发现恶性胸腔积液的生物标志物

组成蛋白质组学,即主要对某个体系中的所 有蛋白质进行定性或定量研究,详细阐述其翻译 后修饰的特征[5,6,7]

恶性胸腔积液中含大量的蛋白质,其中不乏 组织特异性、疾病相关性蛋白质,或可筛选成为 生物标志物。查阅近年来文献,归纳恶性胸腔积 液蛋白质主要有:血浆蛋白、细胞分泌蛋白、外 泌体的膜蛋白、细胞外基质结构及其分解产物、 坏死细胞的细胞质蛋白[8,9,10]。这些蛋白的研究在完 善恶性胸腔积液蛋白数据库、探索恶性肿瘤生物 标志物、寻求新的抗肿瘤治疗方法等方面具有重 要意义。 1.1 胸腔积液中外泌体的研究

外泌体是细胞经过“内吞-融合-外排”等一系 列调控过程而形成的细胞外纳米级的小囊泡,可 由定向造血干细胞、上皮细胞、免疫细胞或肿瘤 等细胞分泌,是胸腔积液蛋白成分之一,由肿瘤 细胞分泌的外泌体与肿瘤演进有关,可以促进血 管新生、肿瘤转移等多个环节,还含有特异性抗 原、调节免疫功能,提示可能在肿瘤免疫治疗中 发挥作用[11]

近期一项有关外泌体的研究中,Bard等[8]证 明了恶性胸腔积液中存在外泌体,并鉴定了其蛋 白组成。研究者在9例胸腔积液中(4例恶性胸膜 间皮瘤、2例肺癌、2例乳腺癌、1例卵巢癌)成 功用蔗糖梯度超离心法及电镜提纯且检测到了胸 腔积液中的外泌体,之后采用SDS-PAGE分离, MALDI-TOF和Western blot方法鉴定了这些蛋白 质。不仅验证了之前Andre等发现的热休克蛋白、 MHC等蛋白[12],还首次证明了SNX25、BTG1、 PEDF、凝血酶敏感蛋白2、基膜硫酸软骨素也是外 泌体中存在的蛋白,此外还存在一些参与渗出液 强烈免疫反应的蛋白,这些蛋白与肿瘤演进和免 疫反应有关,尤其是后者有希望用于肿瘤的免疫 治疗。

以上研究的恶性胸腔积液来自不同肿瘤,Park 等[13]又将研究对象局限于非小细胞肺癌患者的胸 腔积液,对3例非小细胞肺癌患者的胸腔积液中高 纯度的外泌体(40~150 nm)进行研究,采用一维 SDS-PAGE分离及液相色谱串联质谱进行分离鉴 定,鉴定出912个具有高置信度的外泌体蛋白,其 中含23.4%的细胞膜成分,13.4%的细胞质蛋白, 10.7%的MHC蛋白复合体,5.9%的其他蛋白质复 合体等。用生物信息学手段鉴定及筛选了病理相 关蛋白及NSCLC潜在的生物标志物,其中包括肺 富集表面抗原和EGFR信号通路相关的蛋白,这为 外泌体在肿瘤演进方面的研究提供了新视角,可 能成为NSCLC新的诊断工具。 1.2 胸腔积液中血浆蛋白及胸水特异性蛋白的研究

胸腔积液中含有由血浆滤过的蛋白质,其成 分与血浆相似,但同时,由于胸腔积液局限于胸 腔中,故其又有自身疾病的特点,含有组织特异 性的蛋白。

Pernemalm等[14]证明了胸腔积液中不仅存在血 浆蛋白,同时也存在其特异性蛋白。研究者采用 窄谱等点聚焦电泳(IEF),分析了3例肺腺癌的 恶性胸水和血浆的蛋白谱,证明了两者蛋白有高 度的(60%~70%,189个)重合,同时也有一部 分蛋白(111个)存在于恶性胸水中而在血浆中缺 如,其中60%为胞内蛋白,这说明胸水中含有丰富 的肺组织相关蛋白。最后,研究者用Western blot 方法鉴定了其中的9个蛋白,其中NPC2在肺腺癌 胸水中显著表达,这个蛋白很可能由肿瘤细胞分 泌,肯定了蛋白质组学方法在发现胸腔积液生物 标志物的作用。

以上研究采用基于凝胶电泳-质谱技术(2-DEMS) 的经典蛋白质组学研究,其具有一定局限性[15,16]: 如操作费时、费力,难以对大分子量及低丰度的蛋白 进行鉴定。

下面的研究采用更为快速、高效、灵敏度高 的方法:基于液相色谱-串联质谱的(2D LC-MS/ MS)的鸟枪法蛋白质组学研究证明胸腔积液中蛋 白质与血浆蛋白成分相似,且恶性胸腔积液中还 含有特异性的蛋白。Tyan等[17]用该方法分析了43 例肺腺癌胸腔积液的蛋白谱,结果发现了1 415个 胸腔积液蛋白质,其中124个有较高置信度。证明 有69个蛋白为来自于血浆的蛋白,其余的蛋白很 有可能特异的表达于胸腔积液中。Tyan等[18]为进 一步筛选生物标志物又进行了研究,用二维凝胶 电泳分析了7例肺腺癌患者的恶性胸腔积液,最终 鉴定出44个较高置信度的蛋白。其中,有7个蛋白 尚未在血浆中发现,这些蛋白是:视网膜母细胞 瘤结合蛋白7、突触囊泡膜蛋白、皮质类固醇结合 球蛋白前体、锌指蛋白域包含的蛋白11、包膜糖 蛋白、MSIP043和肌联蛋白。视网膜母细胞瘤结合 蛋白7在调节细胞分裂、分化等方面发挥作用,具 有很大研究价值。这些蛋白特异性存在于胸腔积 液中,很有可能来自于实质器官腔隙,可作为诊 断恶性胸腔积液的候选生物标志物。

同样采用鸟枪法,Sheng等[19]也证明了这点, 其选取5例肺腺癌的恶性胸腔积液,最终生成123 个有较高置信度蛋白,这些蛋白质大部分都与 血浆蛋白质重叠,仅有7个特异表达于恶性胸腔 积液,它们是:JUP蛋白、膜联蛋白A2、转化生 长因子βig-h3蛋白、V-set及免疫球蛋白区域包含 蛋白4、Ifapsoriasin2、肌动蛋白胞质型1(Actin, cytoplasmic 1)和Suprabasin,它们极有可能成为诊 断肺腺癌的分子标志物,其中膜联蛋白A2因其具 有调节细胞的黏附和生长增殖能力而更具特殊意 义,这项研究对补充恶性胸腔积液蛋白谱及筛选 肺腺癌候选生物标志物具有重要意义。 1.3 胸腔积液中肿瘤分泌蛋白的研究

胸腔积液中还含有肿瘤细胞分泌的蛋白,这 些蛋白具有肿瘤的特异性,可以作为候选的肿瘤 标志物。

为了证明蛋白由肿瘤细胞分泌,下面两项研 究采用细胞系分泌蛋白同胸水分泌蛋白谱进行阳 性对照。Wang等[20]同时对2条细胞系分泌蛋白和 胸水的蛋白谱进行研究,发现有22个两者共同存 在的蛋白,除去已知血浆蛋白和已知肺癌标志物 后,选择RbAp46蛋白进行更进一步的研究,证明 RbAp46 mRNA和RbAp46蛋白在肺癌组织中表达 上调,与癌细胞的迁移有关,其有可能成为新的 肺癌标志物和预后指标。

采用同样的策略,Yu等[10]分析了13例恶性胸 水的蛋白质,在除去高丰度蛋白后,采用SDSPAGE 法分离蛋白质,液相色谱串联质谱鉴定 蛋白,生成了482个恶性胸水的非冗余蛋白,并 与3个腺癌细胞系的分泌蛋白作比较,来找到来 源于肿瘤细胞分泌的生物标志物。通过ELISA 鉴定,4个蛋白可作为候选者:α-2-HS-糖蛋白 (AHSG)、血管生成素、半胱氨酸蛋白酶抑制 剂-C和胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP2)。 通过68例恶性胸水和119例良性胸水验证,发现 AHSG和IGFBP2在恶性胸水中的表达明显较高, 且IGFBP2与肺癌细胞的迁移有关。这项研究肯定 了蛋白组学在筛选生物标志物中的重要作用,同 时证明了胸腔积液中存在肿瘤细胞分泌的蛋白。 2 比较蛋白质组学探索恶性胸腔积液中的生物标 志物

比较蛋白质组学,即比较不同蛋白质组差异 与相似性,从而发现疾病可能的病因[5,6,7],找出疾 病相关生物标志物。归纳近年研究文献,恶性胸 腔积液的比较蛋白质组学研究主要应用于筛选肺 癌及恶性胸膜间皮瘤相关的生物标志物。 2.1 筛选肺癌相关生物标志物

在鉴别良恶性胸腔积液,发现肺癌生物标志 物的研究中,Rodríguez-Piñeiro等[21]用NSCLC患 者的胸腔积液同肺部良性疾病的胸腔积液(各4 例)进行对比。采用双向荧光差异凝胶电泳来比 较两者蛋白组差异,最后证明金属蛋白抑制剂2、 钙结合微丝蛋白、血管生成相关的色素上皮衍生 因子(PEDF)在恶性胸水中高表达,S100-A8和 S100-A9在恶性胸水中低表达。该研究用免疫检测 法证明了超过12种PEDF的亚型均在NSCLC患者 胸腔积液中高表达。而Hsieh等[22]之前进行的一项 恶性胸腔积液(14例)同漏出液(13例)的比较 蛋白组学研究证明:色素上皮衍生因子在恶性胸 腔积液中要显著低于漏出性胸腔积液。这可能因 为Hsieh等的研究对象是蛋白差异较大的漏出液和 恶性胸腔积液有关,还可能由于两研究检测到的 PEDF异构体不同有关。因此进一步研究PEDF的 异构体与肿瘤病因的关系很有必要。

随后,Wang等[23]用二维凝胶电泳的方法对比 了良性胸腔积液(肺炎及结核)与肺腺癌恶性胸 腔积液(各10例),用MALDI-TOF质谱法鉴定了 其中16个差异蛋白,筛选出5个蛋白质:血液结合 素、TTR和fibrinogen蛋白在恶性胸水、血清、组 织中均上调;SAP在恶性胸腔积液中显著下调,但 在血清中无差异;JMJD5在恶性胸腔积液、肿瘤 组织中均下调。提示这些蛋白可能成为肺癌生物 标志物,可以作为血浆或其他常规临床检验的补 充诊断,用于良恶性胸腔积液的鉴别。

此外,还有一些研究通过对比良恶性胸腔积液 中某些已知的肿瘤相关蛋白水平,揭示了其鉴别 诊断的能力,提示其可能作为鉴别诊断的生物标 志物。Wang等[24]发现恶性胸腔积液的apoE明显高 于良性胸腔积液,且腺癌胸腔积液的apoE明显高于 其他病理类型的肺癌,该研究提示apoE有希望作为 恶性胸腔积液的候选生物标志物。Wu[25]、Görgün[26] 等发现了恶性胸水中生存素高于良性,鉴别两者 的敏感度较高(两项研究分别为85%,72%),因 其不具有鉴别结核与肿瘤的能力,故特异性较低 (两项研究分别为75%,44%),且生存素水平 越高预后越差,这说明生存素可能是肺癌诊断及 预后的标志物。Xu等[27]发现SiSo细胞受体结合肿 瘤抗原sRCAS1在恶性胸腔积液中表达明显高于良 性,其在鉴别良恶性胸腔积液中有一定价值。 2.2 筛选恶性胸膜间皮瘤相关生物标志物

恶性胸膜间皮瘤常常伴有大量胸腔积液,与 腺癌侵犯胸膜在临床上往往难以区分。近年利用 比较蛋白质组学对两者的鉴别方法层出不穷,其 中较有价值的是Pass等[28]通过比较发现胸膜相关 肽段(SMRP)在恶性胸膜间皮瘤胸腔积液中高表 达,提示胸腔积液中的SMRP有望成为恶性胸膜 间皮瘤相关生物标志物。此外,Hirayama等[29]通 过比较发现恶性胸膜间皮瘤胸水中VEGF水平明显 较非胸膜间皮瘤高,且与患者生存时间有关,提 示VEGF可能是恶性胸膜间皮瘤诊断及预后的标志 物。Amany等[30]对比发现间皮素和骨桥蛋白可以 作为诊断恶性胸膜间皮瘤的标志物,且对胸膜固 定术的患者具有预后意义。 3 小结

组成蛋白质组学在胸腔积液中的应用,使人 们对胸腔积液的蛋白谱的认识渐渐明了,对阐 明发病机制有重要意义;比较蛋白质组学在胸腔 积液中的应用对比了不同病因的胸腔积液蛋白的 差异,对找出疾病特异性的生物标志物意义重大 (生物标志物归纳见表 1)。今后蛋白质组学对胸 腔积液的研究依然是热点,目前研究尚存在以下 问题:胸水蛋白谱需进一步完善,在胸腔积液中 发现药物靶点的研究尚未报道,新发现的血清标 志物也急需在胸水中得到验证,这为今后的工作 指明了新的研究方向。随着研究深入及技术的完 善,蛋白质组学筛选胸腔积液中的生物标志物有 着广阔的发展前景,其筛选出的生物标志物应用 于临床更加指日可待。

表 1 胸腔积液中重要的候选生物标志物 Table 1 Important potential candidates of biomarker in MPE
参考文献
[1] Andrews CO, Gora ML. Pleural effusions: pathophysiology andmanagement[J]. Ann Pharmacother, 1994, 28(7-8): 894-903.
[2] Chen WX, Pan XL. Diagnostics[M]. 7th edition. Beijing: People’sMedical Publishing House, 2008: 338.[陈文彬, 潘祥林. 诊断学[M]. 第7版. 北京: 人民卫生出版社, 2008: 338.]
[3] Gomez-Fernandez C, Jorda M, Delgado PI, et al. Thyroidtranscription factor 1: a marker for lung adenoarinoma in bodycavity fluids[J]. Cancer, 2002, 96(5): 289-93.
[4] Wilkins MR, Sanchez JC, Gooley AA, et al. Progress withproteome projects: why all proteins expressed by a genome shouldbe identified and how to do it[J]. Biotechnol Genet Eng Rev,1996, 13: 19-50.
[5] Pandey A, Mann M. Proteomics to study genes and genomes[J].Nature, 2000, 405(6788): 837-46.
[6] Hille JM, Freed AL, W?tzig H. Possibilities to improve automation,speed and precision of proteome analysis: a comparison of twodimensionalelectrophoresis and alternatives[J]. Electrophoresis,2001, 22(19): 4035-52.
[7] Li BL, Li L, Wu JR. Functional proteomics[J]. Sheng Wu GongCheng Jin Zhan, 1999, 19(4): 15-6.[李柏良, 李林, 吴家睿. 功能蛋白质组学[J]. 生物工程进展, 1999, 19(4): 15-6.]
[8] Bard MP, Hegmans JP, Hemmes A, et al. Proteomic analysis ofexosomes isolated from human malignant pleural effusions[J]. AmJ Respir Cell Mol Biol, 2004, 31(1): 114-21.
[9] Davidson B. Malignant effusions: from diagnosis to biology[J].Diagn Cytopathol, 2004, 31(4): 246-54.
[10] Yu CJ, Wang CL, Wang CI, et al. Comprehensive proteomeanalysis of malignant pleural effusion for lung cancer biomarkerdiscovery by using multidimensional protein identificationtechnology[J]. J Proteome Res, 2011, 10(10): 4671-82.
[11] Février B, Raposo G. Exosomes: endosomal-derived vesiclesshipping extracellular messages[J]. Curr Opin Cell Biol,2004,16(4): 415-21.
[12] Andre F, Schartz NE, Movassagh M, et al. Malignant effusionsand immunogenic tumor-derived exosomes[J]. Lancet, 2002,360(9329): 295-305.
[13] Park JO, Choi DY, Choi DS, et al. Identification andcharacterization of proteins isolated from microvesicles derivedfrom human lung cancer pleural effusions[J]. Proteomics, 2013,13(14): 2125-34.
[14] Pernemalm M, De Petris L, Eriksson H, et al. Use of narrow-rangepeptide IEF to improve detection of lung adenocarcinoma markersin plasma and pleural effusion[J]. Proteomics, 2009, 9(13):3414-24.
[15] Jiao LY, Ying WT, CAI Y, et al. Proteomics strategy in cancerresearch[J]. Zhong Liu Fang Zhi Yan Jiu, 2005, 32(4): 245-7. [焦丽艳, 应万涛, 蔡耘, 等. 肿瘤研究中的蛋白质组学策略[J]. 肿瘤防治研究, 2005, 32(4): 245-7.]
[16] Xia QC, Zeng R. Protein chemistry and proteomics[M]. Beijing:Science Press, 2004: 432-3.[夏其昌, 曾嵘. 蛋白质化学与蛋白组学[M]. 北京: 科学出版社, 2004: 432-3.]
[17] Tyan YC, Wu HY, Lai WW, et al. Proteomic profiling ofhuman pleural effusion using two-dimensional nano liquidchromatography tandem mass spectrometry[J]. J Proteome Res,2005, 4(4): 1274-86.
[18] Tyan YC, Wu HY, Su WC, et al. Proteomic analysis of humanpleural effusion[J]. Proteomics, 2005, 5(4): 1062-74.
[19] Sheng SH, Zhu HL. Proteomic analysis of pleural effusion fromlung adenocarcinoma patients by shotgun strategy[J]. Clin TranslOncol, 2014, 16(2): 153-7.
[20] Wang CL, Wang CI, Liao PC, et al. Discovery of retinoblastomaassociatedbinding protein 46 as a novel prognostic marker fordistant metastasis in nonsmall cell lung cancer by combinedanalysis of cancer cell secretome and pleural effusion proteome[J].J Proteome Res, 2009 , 8(10): 4428-40.
[21] Rodríguez-Pi?eiro AM, Blanco-Prieto S, Sánchez-Otero N, et al.On the identification of biomarkers for non-small cell lung cancerin serum and pleural effusion[J]. J Proteomics, 2010, 73(8):1511-22.
[22] Hsieh WY, Chen MW, Ho HT, et al. Identification of differentiallyexpressed proteins in human malignant pleural effusions[J]. EurRespir J, 2006, 28(6): 1178-85.
[23] Wang Z, Wang C, Huang X, et al. Differential proteome pro?lingof pleural effusions from lung cancer and benign in?ammatorydisease patients[J]. Biochim Biophys Acta, 2012, 1824(4):692-700.
[24] Wang Y, Chen Z, Chen J, et al. The diagnostic value ofapolipoprotein E in malignant pleural effusion associated withnon-small cell lung cancer[J]. Clin Chim Acta, 2013, 421: 230-5.
[25] Wu YK, Chen KT, Kuo YB, et al. Quantitative detection ofsurvivin in malignant pleural effusion for the diagnosis andprognosis of lung cancer[J]. Cancer Lett, 2009, 273 (2): 331-5.
[26] G?rgün D, Se?ik F, Midilli K, et al. Diagnostic and prognosticsignificance of survivin levels in malignant pleural effusion[J].Respir Med, 2013, 107(8): 1260-5.
[27] Xu CH, Hao KK, Yu LK, et al. Diagnostic value of solublereceptor-binding cancer antigen expressed on SiSo cells andcarcinoembryonic antigen in malignant pleural effusion in patientswith lung cancer[J]. Asia Pac J Clin Oncol, 2015, 11(11): 28-33.
[28] Pass HI, Wali A, Tang N, et al. Soluble mesothelin-related peptidelevel elevation in mesothelioma serum and pleural effusions[J].Ann Thorac Surg, 2008, 85(1): 265-72.
[29] Hirayama N, Tabata C, Tabata R, et al. Pleural effusion VEGFlevels as a prognostic factor of malignant pleural mesothelioma[J].Respir Med, 2011, 105(1): 137-42.
[30] Amany FM, Mohamed NA, El-Ghamry R, et al. Mesothelinand osteopontin as diagnostic and prognostic markers ofmalignant pleural mesothelioma in Egyptian patients undergoingpleurodesis[J]. Egyptian J Chest Dis Tuberculosis, 2013, 62(1):115-20.