肿瘤防治研究  2014, Vol.41 Issue (7): 789-793.   PDF    
宫颈癌及癌前病变组织中microRNAs的差异表达
曾康康, 莫祥兰, 刘 斐, 胡晓霞    
530021南宁,广西壮族自治区人民医院妇科
摘要目的 寻找与宫颈癌及宫颈癌前病变相关的microRNA。 方法 利用miRNA芯片,筛查宫颈 癌组织、宫颈上皮内瘤变及正常宫颈组织中差异表达的miRNA,并用实时定量RT-PCR在60份宫颈组 织标本中对4个miRNA进行验证。利用生物信息学对部分差异表达的miRNA的靶基因进行功能分析。 结果 与正常宫颈组织比较,宫颈癌及高级别宫颈病变(HSIL)中存差异表达的miRNAs,其中在宫 颈癌中下调最明显的是miR-218(下调倍数为0.175),上调最明显的是miR-21(上调倍数为5.68)。 实时定量RT-PCR验证结果与miRNA芯片结果基本一致。功能分析显示预测的miR-218及miR-21的靶基 因与肿瘤的生长、侵袭转移有关。结论 宫颈癌及癌前病变中存在异常表达的miRNA,它们在宫颈癌 发生过程中可能起癌基因或抑癌基因的作用。
关键词: 宫颈癌     宫颈上皮内瘤变     microRNA     微阵列芯片技术     实时定量反转录聚合酶链反应    
Differential Expression of microRNAs in Cervical Cancer and Cervical Precancerous Lesions
ZENG Kangkang, MO Xianglan, LIU Fei, HU Xiaoxia    
Department of Gynecology,The People’s Hospital of Guangxi Zhuang Autonomous Region, Nanning 530021, China
AbstractObjective To identify potential miRNA involved in cervical cancer and cervical precancerous lesions. Methods miRNA microarray was applied to compare the miRNA expression profile in cervical cancer, cervical precancerous lesions and normal cervical tissues.Real-time quantificative RT-PCR was used to validate the expressions for 4 miRNAs in 60 cervical tissues. Bioinformaties programs were used to analyze potential target genes and their foundation. Results Differential miRNAs were identified in cervical cancer and high-grade squamous intraepithelial lesion (HSIL). MiR-218 was most down-regulated (0.175-fold) and miR-21 was most up-regulated (5.68-fold) . Meanwhile, real-time quantitative RT-PCR result accorded with miRNA microarray result. Bioinformatic analysis indicated that the target genes of miR-218 and miR-21 may be involved in cancer invasion and metastasis.Conclusion miRNAs are aberrantly expressed in human cervical cancer and cervical precancerous lesions. These miRNAs may be involved in cervical carcinogenesis as potential tumor suppressor genes or oncogen.
Key words: Cervical cancer     Cervical intraepithelial neoplasia     microRNAs     Microarray     Real-time RT-PCR    
0 引言

宫颈癌的发生是一个多因素、多步骤的过 程,由正常宫颈上皮向宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN),即癌前病变转化, 再发展为浸润性宫颈癌,约需要十年时间,仅有部 分上皮内瘤变最终发展为宫颈癌,因而,寻找能预 测宫颈病变发展的标志物尤为重要。持续性高危 型HPV感染是宫颈癌发生的必要条件,然而有证 据显示单一的HPV感染不足以导致宫颈癌,宿主 的基因变异在宫颈癌的发展中也起了重要作用,明 确这些遗传的改变对于宫颈癌的筛查和治疗有重 要的意义[1]。miRNA是一类长约19~25个核糖核苷 酸的非编码调控单链小分子RNA。研究已经显示 成千上万的蛋白编码的基因共同由miRNA调节[2]。 miRNA表达异常与多种肿瘤相关,其在肿瘤的发 生过程中发挥癌基因或抑癌基因的作用。已有研究 发现miRNA在宫颈癌中有异常表达,而在癌前病 变中的研究不多,研究结果也不一致。本研究采用 miRNA芯片技术筛选宫颈癌、癌前病变及正常宫 颈组织差异表达的miRNA,探讨miRNA与宫颈癌 的关系,以期为宫颈癌的筛查提供生物标志物,为 阐明宫颈癌发生的分子机制提供新的依据。 1 资料和方法 1.1 标本资料

宫颈石蜡组织标本来自广西壮族自治区人民 医院病理科。12份标本用于miRNA芯片检测,其 中3份为宫颈鳞状细胞癌(SCC),3份为宫颈高度鳞 状上皮内病变(HSIL)(CIN2/CIN3),3份为宫 颈低度鳞状上皮内病变(LSIL)(CIN1)及3份正常 宫颈组织;60份标本用作miRNA表达的验证,包 括20份宫颈癌、20份HSIL、10份LSIL组织及10份 正常宫颈组织。标本均由病理科医生复核。所有 的宫颈癌患者在术前均未接受过放化疗及其他治 疗,正常宫颈组织来自因子宫良性病变切除的子 宫。该研究已获得医院伦理委员会同意。 1.2 miRNA芯片检测 1.2.1 RNA抽提和纯化

选取宫颈石蜡切片中 病变部分的组织,使病变组织达90%以上,采用 RecoverAllTM 总核酸提取试剂盒 (美国Ambion公 司)根据生产厂商提供的标准操作流程进行样品的总 RNA抽提,抽提所得总RNA经安捷伦2100生物分析 仪 (美国安捷伦科技公司)电泳质检合格后备用。 1.2.2 芯片实验

miRNA芯片杂交所用芯片为安 捷伦人miRNA芯片(8×15K) V12.0芯片(覆盖866个 人类相关miRNA以及89个人类病毒相关miRNA)。 芯片杂交实验及后续结果分析在上海伯豪芯片生 物技术有限公司完成。实验样品RNA采用Agilent miRNA芯片配套的试剂盒(美国安捷伦科技公司), 按照标准操作流程对样品中的miRNA分子进行荧 光标记及样品的杂交实验。芯片结果采用安捷伦 微阵列芯片扫描仪进行扫描,用Feature Extraction 软件10.7读取数据,最后采用Gene Spring软件 11.0进行归一化处理。 1.3 实时定量PCR (real-time RT-PCR)验证 1.3.1 石蜡组织总RNA抽提及反转录

石蜡切片 用二甲苯脱蜡,用QuantoBio总RNA提取试剂盒进 行总RNA抽提;用加尾法进行cDNA第一条链的合 成。借助E.coli聚合酶添加PolyA尾至总RNA,利 用QuantoBio反转录系统将加PolyA尾的总RNA逆 转录成加PolyA尾的cDNA。 1.3.2 Real-time PCR

以第一链cDNA为模板,利 用SYBR Green PCR Master Mix进行PCR扩增,反应 在20 μl的体系中进行。采用溶解曲线分析和凝胶 电泳实验来检测real-time RT-PCR产物的特异性。 U6 snRNA作为实验的内参基因。miRNA相对表达 量为2-ΔΔCt,ΔCt=(CtmiRNA-CtU6)。 1.4 靶基因的预测及功能分析

利用生物信息学方法,通过miRNA 靶标预测 工具(TargetScan、PicTar、miRanda等)对在宫颈 癌组织中明显下调的miR-218及明显上调的miR-21 的靶基因进行预测,取至少被3个软件同时预测的基 因作为靶基因。采用Gene Ontology数据库(http:// www.geneontology.org)对靶基因进行功能分析。 1.5 统计学方法

利用基因芯片显著性分析(SAM)和t检验 (t-test)进行差异表达基因分析,差异倍数为2倍 及以上(即≥2或≤0.5),Q-value (错误发现率)<5% 的miRNA为有差异的miRNA。应用SPSS软件对 PCR结果进行统计分析,组间miRNA表达水平比 较采用t检验,P<0.05为差异有统计学意义。 2 结果 2.1 miRNA芯片检测结果 2.1.1 宫颈癌组织中差异表达的miRNA

利用宫 颈SCC、HSIL、LSIL组织和正常宫颈组织进行 miRNAs芯片分析,聚类分析结果显示在不同的 宫颈组织中存在差异表达的miRNA。与正常宫颈 组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为 上调(>2倍),10个miRNAs表达为下调(<0.5倍), 其中上调4倍以上的miRNA有miR-21及miR-21* 、 miR-15b、miR-16,下调4倍以上的有miR-218及 miR-376,其中上调最明显的是miR-21,下调最明 显的是miR-218,见表 1

表 1 宫颈癌和正常宫颈组织中差异性表达的miRNA Table 1 Differential expression of miRNAs in cervical cancer and normal tissues
2.1.2 宫颈上皮内瘤变组织中差异表达的miRNA

芯片分析结果显示,与正常宫颈组织比较,HSIL中 有13个miRNA表达为上调,31个miRNA表达为下 调,其中上调4倍以上的有miR-663、miR-188-5p 、 miR-765、miR-1300、miR-483-5p,下调4倍以上 的有miR-218、miR-376c、 miR-374b、miR-149、 miR-152、miR-142-3,见表 2。LSIL与正常宫颈组 织比较,仅miR-1260表现为2倍的下调(0.441倍, P=0.008),其他miRNA未显示出差异性表达。

表 2 宫颈高度鳞状上皮内病变和正常宫颈组织中差异表达的miRNA Table 2 Differential expression of miRNAs in HSIL and normal tissues
2.2 实时定量RT-PCR验证结果

从miRNA芯片检测结果中选取在宫颈癌组织 中有异常表达的4个miRNA,利用荧光定量RTPCR在20份宫颈癌、20份HSIL、10份LSIL及10份 正常宫颈组织中进行验证。这4个miRNA分别为 miR-21、miR-218、 miR-31、miR-376a,U6作为 内参照并进行标准化。结果显示与正常宫颈组织 比较,miR-218在宫颈癌及HSIL中均显示明显下降 (P=0.000、P<0.05),miR-21、miR-31表达在 宫颈癌组织中明显增加(P <0.00);芯片检测结 果显示miR-376a在宫颈癌及HSIL中均为下降(P <0.01),而PCR检测在HSIL中未显示出明显的下 调(P >0.05),见图 1。这4个miRNA经real-time RTPCR验证,显示与miRNA芯片基本一致的变化。

图1 Microarray和Real-time PT-PCR检测4个miRNAs在宫颈癌及癌前病变组织中相对表达结果比较 Figure 1 Relative expressions of four miRNAs in cervical cancer and cervical precancerous lesions detected by realtime RT-PCR and microarray assay
2.3 靶基因的预测及功能分析

经miRNA 靶标预测工具预测,miR-218预测的靶基因有2 886个,其中LAMB3(层黏连蛋白β3) 和ROBO1(迂回的轴突引导受体1)已在一些肿 瘤中证实为miR-218的靶基因。miR-21预测的靶基 因有29 329,其中PDCD4(程序性细胞死亡蛋白 4),PTEN (磷酸酶张力蛋白)在一些肿瘤中得到验 证。利用GO数据库对这几个靶基因进行功能分析, 结果显示miR-218的靶基因LAMB3和ROBO1与细 胞的黏附和迁移有关,miR-21的靶基因PDCD4和 PTEN与细胞的增殖、迁移和凋亡有关,见表 3

表 3 miR-218和miR-21靶基因的GO分析 Table 3 Gene ontology annotation of target genes of miR-218 and miR-21
3 讨论

目前,已有研究显示miRNA在宫颈癌组织中 有差异性表达。Lee等[3]利用实时定量PCR比较10 例正常宫颈和10例宫颈鳞状细胞癌组织的miRNA 谱的变化,发现70个miRNA的表达有明显的改变, 其中68个上调,仅有2个下调。Rao等[4]利用芯片 技术分析了13例宫颈癌及癌旁正常组织的miRNA 的表达,发现在宫颈癌组织中18个miRNA表达升 高,而19个miRNA表达下降。Huang等[5]研究显示 宫颈癌组织中7个miRNA表现为明显降调节,并与 淋巴结转移和预后有关。在本研究中,我们利用 microRNA芯片对宫颈癌、HSIL、LSIL和正常宫颈 组织进行筛查,结果显示宫颈癌中15个miRNA表 达上调,10个miRNA表达下调,其中上调最明显 的是miR-21,下调最明显的是miR-218。利用realtime RT-PCR对其中有异常表达的4个miRNA进行验证,显示出基本一致的结果。这些研究结果显 示,宫颈癌组织中存在miRNA的异常表达,这些 差异表达的miRNA可能参与了宫颈癌的发生。然 而,不同的研究显示差异表达的miRNA不一致,甚 至相反,这些不一致的结果可能是由于高通量平台 的差异、不同实验室采用的实验方法不同以及人群 遗传变异体的不同造成[6]。miRNA在用甲醛固定的 石蜡组织中有较高的稳定性,利用FFPE标本进行 miRNA表达谱分析具有准确性和实用性[7,8] ,因而我们选择较易获取的FFPE标本进行实验。由于宫 颈CIN病变常为局灶性,我们通过HE染色鉴别病变 部位,选择FFPE标本中病变部位组织进行实验,以 减少由于标本的原因而影响结果的可靠性。

miRNA在宫颈癌前病变也表现为异常表 达。Cheung等[1]研究了宫颈癌前病变(CIN2/3) 中miRNA表达谱,发现与正常宫颈比较,12个 miRNA显示高表达,这些miRNA可能与凋亡和 周期调节有关。Pereira等[6]研究了在宫颈癌、宫 颈高度和低度鳞状上皮内病变及正常宫颈组织中 miRNAs表达谱,发现至少有8个miRNA在宫颈正常 组织向癌前病变及宫颈癌发展过程中显示明显的 降调节,这些miRNA可能在肿瘤的发生中起抑制 作用;5个miRNA在正常宫颈向癌前病变和宫颈 癌转化过程中显示为上调,这些miRNA可能与宫 颈异常细胞向宫颈癌转化有关。我们的研究结果 也显示一些miRNA在HSIL中表现增高或下降,一 些在宫颈癌中明显上调的miRNA在HSIL中并不显 示高表达,而在宫颈癌中低表达的miRNA在HSIL 中也显示为低表达,如miR-218、miR-195、miR-199b-5p、miR-497,推测宫颈癌前病变向宫颈癌 转变可能与这些miRNAs的异常表达有关。芯片筛 查结果还显示,在正常宫颈与LSIL之间不存在明 显差异表达的miRNA,这可能与大部分LSIL病变 可向正常宫颈逆转有关。

研究显示miR-218及miR-21在肿瘤组织中异常 表达。miR-218在多种肿瘤组织和细胞中表现为下调并与肿瘤的生长、侵袭和转移有关,被认为是 肿瘤抑制因子[9,10,11]。miR-218在宫颈癌组织、宫颈 上皮内瘤变、宫颈癌细胞株中表现为明显的下调 [4,12,13,14] ,能明显抑制宫颈癌细胞侵袭和迁移[15,16] 。研 究已经显示miR-21在多种肿瘤组织中表达增高, 如头颈癌[17] 、子宫内膜样癌 [18]、肺癌 [19]等。也有报 道miR-21与宫颈癌有关,在多种宫颈癌细胞及宫 颈癌组织中表达明显增高[15,20],而在癌前病变组织 中并不增高[21]。我们的结果与以上研究一致,提示 miR-218在正常宫颈向宫颈癌转化过程中可能起抑 癌基因的作用,而miR-21作为癌基因起作用。

miRNA在肿瘤发生过程中的作用尚不明确, 对靶基因的功能分析有助于我们对miRNA作用机 制的理解。靶基因的预测显示miR-218及miR-21 有许多靶基因,一些靶基因在某些肿瘤中得到验 证,如miR-218的靶基因LAMB3、Robo1 [22,23,24], miR-21的靶基因 PDCD4,PTEN等[25,26]。通过靶基 因的功能分析,这些基因与肿瘤细胞的生长、凋 亡、黏附和迁移等有关。研究显示miR-218通过 作用于靶基因LAMB3与头颈鳞状细胞癌的发生有 关 [24]。又有研究发现miR-218和 LAMB3的多态性 与宫颈癌的易感性有关[27]。Robo1被认为是一个 原癌基因,具有肿瘤迁移的活性,miR-218能通过 Slit2/Robo1途径,抑制肿瘤细胞的生长、侵袭和转 移[22,23]。研究也显示miR-21能通过作用于PTEN和 PDCD4促进肿瘤细胞增长[18,26],参与肝细胞癌的侵 袭和迁移[25]。这些研究显示miR-218及miR-21通过 调节其下游的靶基因参与肿瘤的发生发展。

我们的研究显示,miRNA在宫颈癌及癌前病 变中有异常表达,这些miRNA可能与肿瘤的发生 发展有关,有可能成为潜在的肿瘤生物标志物和 分子靶标,然而这些miRNA在宫颈癌中的作用还 有待进一步研究,对miRNA靶基因的功能研究将 有助对miRNA在宫颈癌发生发展机制的理解。

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