Causal Relationships Between Immune Cells and Risk of Gastric Cancer: A Mendelian Randomization Study
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摘要:目的
分析免疫细胞表型与胃癌(GC)之间的因果关系。
方法利用双向两样本孟德尔随机化(MR)分析,从GWAS数据集中选取涉及731种免疫细胞表型的遗传变异作为工具变量。采用逆方差加权法(IVW)、加权中位数法(WM)以及MR-Egger回归进行随机化分析,并运用Cochran Q检验、MR-Egger回归、MR-PRESSO法、留一法进行敏感性分析。
结果特定免疫细胞表型IgD+ B细胞和CD14- CD16- 细胞绝对计数的变化与胃癌风险显著相关。例如,IgD+ B细胞的比例降低与胃癌风险降低相关(OR=0.86,95%CI: 0.79~0.94),而CD4-CD8- T细胞数量增加则与风险增加相关(OR=1.2,95%CI: 1.1~1.3)。
结论免疫细胞表型与胃癌风险之间存在因果联系,特定免疫标志的变化可能通过影响肿瘤微环境来调节胃癌的发展。
Abstract:ObjectiveTo analyze the causal relationship between immune cell phenotype and gastric cancer.
MethodsBidirectional two-sample Mendelian randomization (MR) analysis was used to select 731 genetic variants involving immune cell phenotypes from the GWAS dataset as instrumental variables. Inverse-variance weighting method (IVW), weighted median method (WM), and MR-Egger regression were used for sensitivity analysis. Cochran Q test, MR-Egger regression, MR-PRESSO method, and remain-one method were also conducted.
ResultsChanges in the absolute count of IgD+ B cells and CD14-CD16- cells were significantly associated with the risk of gastric cancer. A lower proportion of IgD+ B cells was associated with a lower risk of gastric cancer (OR=0.86, 95%CI: 0.79-0.94), while an increased number of CD4-CD8-T cells was associated with an increased risk of gastric cancer (OR=1.2, 95%CI: 1.1-1.3).
ConclusionA causal relationship exists between immune cell phenotype and the risk of gastric cancer. Changes in specific immune markers may regulate the development of gastric cancer by affecting the tumor microenvironment.
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Key words:
- Immune cells /
- Gastric cancer /
- Mendelian randomization /
- Causal effects
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0 引言
胃癌(Gastric cancer, GC)作为全球范围内高发的恶性肿瘤之一,其5年生存率不足30%,是癌症相关死亡的重要疾病[1-2]。肿瘤免疫微环境(Tumor microenvironment, TME)以对精确诊断和个体化免疫治疗带来的影响而备受关注[3]。免疫治疗通过激活宿主天然防御系统来识别和清除肿瘤细胞,为胃癌治疗提供了新的希望[4]。然而,胃癌的复杂性和免疫系统的多样性使治疗效果存在差异,因此深入理解免疫细胞在胃癌发展和治疗中的作用机制至关重要。
本研究采用孟德尔随机化(Mendelian randomization, MR)分析方法,旨在阐明免疫细胞表型与胃癌之间的因果关系,为胃癌的预防和治疗提供新的思路和策略。
1 资料与方法
1.1 研究设计
本研究采用双向两样本孟德尔随机化分析,探究731种免疫细胞表型与胃癌之间的因果关系。MR分析旨在通过遗传变异代表风险变量,以阐明单一或多重暴露因素与单一结果之间的因果关系。值得注意的是,作为工具变量(IV),必须满足以下三个基本假设:(1)遗传变异与环境暴露紧密相关;(2)遗传变异与潜在的环境或遗传混杂因素无关;(3)遗传变异、暴露与结果之间的统计强度可估计,且遗传变异仅通过暴露途径影响结果[5-6]。本研究中的暴露与结果样本均来自人类个体,且为已发表数据的二次分析,因此无需伦理审批。
1.2 胃癌特征GWAS数据源
胃癌数据集(ebi-a-GCST90011849)从GWAS数据库(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)获取,包含476 116名具有欧洲血统的样本(其中1 029例为胃癌样本,475 087例为对照样本),涉及24 188 662个单核苷酸多态性位点(Single-nucleotide polymorphisms, SNPs)。
1.3 免疫细胞表型GWAS数据源
本研究纳入了包含731种免疫表型的公共目录(GCST0001391至GCST0001121)的GWAS数据[7]。纳入
1757 例欧洲成年人,计算了约22万个单核苷酸多态性位点。GWAS汇总数据包括118种绝对细胞计数(AC)、389种代表表面抗原水平的中位荧光强度(MFI)、32种形态学特征(MP)和192种相对细胞计数(RC),即细胞水平的比值。1.4 工具变量的选择(IVs)
将免疫细胞表型作为暴露,在初始阈值(P<5×10−8)之下,并没有足够的SNPs达到统计学意义,为了获得更全面可靠的结果,我们参考相关文献后调整了阈值P<1×10−5来选择各种免疫细胞表型的显著SNPs[8-9]。基于欧洲千人基因组计划,使用PLINK软件中的clump程序排除了R2<0.001的工具变量。在进行反向孟德尔随机化分析时,将显著性阈值设为5×10−8。
各工具变量中SNP的F统计值计算:(1)通过公式R2=2×(1−MAF)×MAF×β2来计算R2,其中R2代表工具变量解释暴露的程度,MAF代表最小等位基因频率,β代表等位基因效应值。(2)使用公式F=R2×(N−K−1)/[K×(1−R2)]来计算F值,其中N代表总样本量,K代表工具变量数量。(3)为了排除弱工具变量偏倚,将F>10的SNP纳入MR分析[10]。
1.5 孟德尔随机化分析
采用了逆方差加权法(IVW)、加权中位数法(WM)以及MR-Egger回归等方法进行分析。IVW方法是在假设所有SNP均有效且独立的前提下,将回归截距限制为0,以结局方差的倒数作为权重进行拟合。当每个遗传变异都符合工具变量的假设时,IVW将提供最精确的结果,因此IVW的结果通常被认为是因果效应评估的金标准[11]。
本研究以IVW结果作为主要指标来评估因果效应,同时使用其他方法辅助评估MR效应。当不同方法的效应量(β值)方向与IVW一致时,表明结果稳健。运用FDR校正对IVW结果进行多重检验,当PFDR<0.05时认为免疫细胞表型与胃癌风险具有因果关系。
1.6 敏感性分析
为了评估结果的异质性和多效性,我们运用了多种方法。通过Cochran’s Q test进行异质性检验[12]。多效性则通过MR-PRESSO检验与MR-Egger回归截距项(MR-Egger intercept)来评估,当P>0.05时,表明结果不存在异质性或多效性[13]。此外,使用留一法对单个及整体效应的异质性进行分析。本研究主要在R软件(4.2.1版本)中的Two Sample MR软件包中完成。
2 结果
2.1 工具变量结果
共有731个免疫细胞表型的工具变量达到显著阈值,每个表型的工具变量数量从2~688个不等。这些免疫细胞表型工具变量的F值范围为20.88~1159.29,均符合F>10的标准,这表明本研究中使用的工具变量不太可能存在弱工具变量偏倚的问题。
2.2 免疫细胞表型与胃癌的因果关系
采用两样本MR分析,以IVW作为主要分析手段,探究免疫细胞表型与胃癌之间的因果关系。以PFDR<0.05作为判定条件时,四种免疫表型与胃癌具有因果关联。其中IgD on IgD+ B细胞、CD14- CD16- 绝对计数以及IgD+ CD24- B细胞占淋巴细胞百分比的降低与胃癌风险减少有关,而CD4-CD8- T细胞绝对计数的升高则与胃癌风险增加相关,见图1。WM和MR-Egger回归等免疫细胞表型的MR分析方法得出的结论与IVW结果基本一致。
2.3 胃癌对免疫细胞表型的影响
再次采用IVW进行反向MR分析,对731个免疫细胞表型进行探究。经过FDR校正后,以显著性水平0.05为判断标准,未发现胃癌与任何免疫细胞表型之间存在因果关系,见图2。
2.4 敏感性分析结果
在针对异质性与多效性的检验中,Cochran Q检验结果显示,与上述四种免疫细胞表型高度相关的SNP间不存在异质性(P>0.05)。MR-Egger回归的截距项分析表明,这些SNP不存在水平多效性(P>0.05)。MR-PRESSO法分析未发现与上述四种免疫细胞表型高度相关的SNP存在离群值(P>0.05),见表1。此外,留一法分析结果显示,在剔除任何一个SNP后,MR分析结果均保持稳定,无明显改变,见图3。
表 1 Cochran Q检验、MR-Egger回归、MR-PRESSO法分析结果Table 1 Results of Cochran's Q test, MR-Egger regression, and MR-PRESSO analysisExposure Cochran′s Q MR-Egger MR-PRESSO Method Q P Egger intercept P Causal estimate P IgD on IgD+ B cell IVW 15.43 0.16 0.03 0.20 −0.15 0.19 CD4-CD8- T cell Absolute Count IVW 11.10 0.44 −0.01 0.64 0.18 0.51 CD14- CD16- Absolute Count IVW 13.02 0.45 −0.01 0.17 −0.03 0.53 IgD+ CD24- B cell %lymphocyte IVW 13.61 0.56 0.02 0.49 −0.15 0.59 3 讨论
胃癌作为一种具有高度异质性的疾病,可分为弥漫型/混合型和肠型两大类型,这两种类型在临床上呈现出截然不同的结果。在肿瘤发展的动态过程中,免疫细胞扮演着重要的角色。
在胃癌的微环境中,多种免疫细胞与肿瘤细胞相互作用,共同调控肿瘤的生长、扩散和对治疗的响应。Oya等的研究强调了癌相关成纤维细胞以及免疫细胞在胃癌肿瘤微环境中的重要角色,这些细胞与胃癌细胞的交互作用对肿瘤发展具有重要影响[14]。此外,T细胞等免疫细胞在胃癌中的作用日益受到重视。Pernot等根据Lauren分类分析了进展期胃癌中的浸润及周围免疫细胞,并探讨了这些细胞的临床意义[15]。这些研究为我们理解免疫细胞在胃癌中的作用提供了新的视角。
本研究通过双向孟德尔随机化分析,深入探讨了731种免疫细胞表型与胃癌之间的关系。研究结果揭示,四种特定的免疫细胞表型与胃癌存在显著的因果联系。
具体而言,本研究发现IgD+ CD24− B细胞淋巴细胞百分比的增加与胃癌风险降低之间存在密切关联。而CD24在胃癌组织中高表达,促进细胞增殖、侵袭、转移,可能通过激活STAT3、上调钙黏蛋白、纤维连接蛋白、维生素D受体及介导EGF/EGFR信号发挥作用[16]。研究显示,CD24与非萎缩性胃炎到胃癌的病变进程相关[17],并与Hp感染有关[18-20]。
研究结果显示,CD4− CD8− T细胞绝对计数的升高则与胃癌风险增加有关。CD4− CD8−双阴性T细胞是外周T细胞的稀有亚群,其已被证明不仅存在于外周血中,还浸润到实体瘤中,如非小细胞肺癌、肝癌、神经胶质瘤和胰腺瘤[21-22]。此外,黑色素瘤患者淋巴结中CD4− CD8− T细胞数量与疾病进展相关[23]。
值得注意的是,我们还观察到IgD在IgD+ B细胞上的表达水平与胃癌风险之间的负相关[24]。而在某些疾病状态下,例如胃癌,IgD的表达水平相较正常组织会有所变化[25]。本研究发现IgD在IgD+ B细胞的升高可以降低胃癌的发病风险。
本研究存在局限性。首先,利用的是目前最新、样本量最大的GWAS数据,鉴于暴露数据与结局数据需要同一人种,我们找到的免疫细胞GWAS源于欧洲人群,目前暂时只能运用欧洲人群进行分析,可能无法完全适用于其他种族的人群;其次,部分免疫细胞表型的工具变量较少,这可能在一定程度上影响了结果的准确性;最后,受限于当前的样本量,许多免疫细胞表型与胃癌之间的联系尚未达到显著性水平。尽管如此,本研究仍然为理解胃癌的发病机制提供了新的视角,并为开发针对胃癌的新型治疗方法提供了潜在靶点。
Competing interests: The authors declare that they have no competing interests.利益冲突声明:所有作者均声明不存在利益冲突。作者贡献:何嘉伟:数据收集与分析、文章撰写曹龙女:文献回顾与数据分析唐梦园:数据可视化与结论撰写崔洪全:文章审核 -
表 1 Cochran Q检验、MR-Egger回归、MR-PRESSO法分析结果
Table 1 Results of Cochran's Q test, MR-Egger regression, and MR-PRESSO analysis
Exposure Cochran′s Q MR-Egger MR-PRESSO Method Q P Egger intercept P Causal estimate P IgD on IgD+ B cell IVW 15.43 0.16 0.03 0.20 −0.15 0.19 CD4-CD8- T cell Absolute Count IVW 11.10 0.44 −0.01 0.64 0.18 0.51 CD14- CD16- Absolute Count IVW 13.02 0.45 −0.01 0.17 −0.03 0.53 IgD+ CD24- B cell %lymphocyte IVW 13.61 0.56 0.02 0.49 −0.15 0.59 -
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