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基于分子动力学模拟和实验评价探讨黄芪甲苷对HepG2细胞的作用机制

周志朋, 杨明珠, 蔡明钦, 薛娟娣, 吕晓云

周志朋, 杨明珠, 蔡明钦, 薛娟娣, 吕晓云. 基于分子动力学模拟和实验评价探讨黄芪甲苷对HepG2细胞的作用机制[J]. 肿瘤防治研究, 2022, 49(7): 655-661. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2022.21.1537
引用本文: 周志朋, 杨明珠, 蔡明钦, 薛娟娣, 吕晓云. 基于分子动力学模拟和实验评价探讨黄芪甲苷对HepG2细胞的作用机制[J]. 肿瘤防治研究, 2022, 49(7): 655-661. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2022.21.1537
ZHOU Zhipeng, YANG Mingzhu, CAI Mingqin, XUE Juandi, LYU Xiaoyun. Mechanism of Astragaloside Ⅳ on HepG2 Cells Based on Molecular Dynamics Simulation and Experimental Evaluation[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2022, 49(7): 655-661. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2022.21.1537
Citation: ZHOU Zhipeng, YANG Mingzhu, CAI Mingqin, XUE Juandi, LYU Xiaoyun. Mechanism of Astragaloside Ⅳ on HepG2 Cells Based on Molecular Dynamics Simulation and Experimental Evaluation[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2022, 49(7): 655-661. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2022.21.1537

基于分子动力学模拟和实验评价探讨黄芪甲苷对HepG2细胞的作用机制

基金项目: 

甘肃省自然科学基金 21JR7RA454

详细信息
    作者简介:

    周志朋(1989-),男,硕士在读,主要从事中医药抗肿瘤机制研究

    通讯作者:

    吕晓云(1967-),男,博士,副教授,主要从事中西医结合治疗常见病,E-mail: lvxy@lzu.edu.cn

  • 中图分类号: R735.7

Mechanism of Astragaloside Ⅳ on HepG2 Cells Based on Molecular Dynamics Simulation and Experimental Evaluation

Funding: 

Natural Science Foundation of Gansu Province 21JR7RA454

More Information
  • 摘要:
    目的 

    基于分子动力学模拟和实验评价揭示黄芪甲苷对HepG2细胞的作用机制。

    方法 

    构建“药物-疾病”网络药理图,分析黄芪甲苷(AS-Ⅳ)作用于肝细胞癌(HCC)的核心基因,筛选关键信号通路,建立“药物-靶点”分子动力学模型;体外实验检测HepG2细胞迁移、增殖、侵袭能力;流式细胞术检测HepG2细胞周期及凋亡;qRT-PCR检测核心基因相对表达量。

    结果 

    AS-Ⅳ作用于HCC核心靶点为VEGFA;体外实验结果显示:与对照组比较,高浓度AS-Ⅳ对HepG2细胞的迁移、侵袭和增殖活力具有抑制作用,能阻滞HepG2细胞从G1期向G2期转移,促进其凋亡,可下调VEGFA mRNA表达,上调TGF-β1 mRNA表达。

    结论 

    AS-Ⅳ可能通过多靶点、多通路抑制肝癌细胞的增殖。

     

    Abstract:
    Objective 

    To reveal the mechanism of action of AS-Ⅳ on HepG2 cells based on molecular dynamics simulation and experimental evaluation.

    Methods 

    We constructed a "drug-disease" network pharmacological map, analyzed the core genes of astragaloside Ⅳ (AS-Ⅳ) in HCC, screened key signaling pathways, and established a "drug-target" molecular dynamics model. In vitro assay was used to detect migration, proliferation and invasion abilities. Flow cytometry and qRT-PCR were used to detect the effect of AS-Ⅳ on the cell cycle and apoptosis, and the expression of core gene of HepG2.

    Results 

    The core target of AS-Ⅳ acting on HCC was VEGFA. Compared with the control group, the high concentration of AS-Ⅳ significantly inhibited the migration, invasion and proliferation of HepG2 cells, blocked the metastasis of HepG2 cells from G1 to G2 phase, promoted their apoptosis, down-regulated VEGFA expression and up-regulated TGF-β1 expression.

    Conclusion 

    AS-Ⅳ may inhibit the proliferation of hepatocellular carcinoma cells through multi-target and multi-pathway.

     

  • 环状RNA(circular RNA, circ RNA)起初于植物类病毒中发现的单链环状RNA[1-2]。随后发现人体细胞也存在大量circRNA。环状RNA的含量在一些组织中比线性RNA多,可达10倍以上; circRNA是没有5'末端和3'末端的闭合环状,通过3′, 5′-磷酸二酯键首尾相连接,这样的特殊结构使得环状RNA比线性RNA更具有稳定性[3]; 环状内含子RNA中含有少量miRNA应答元件,含有大量miRNA结合位点,可通过与miRNA结合,调控mRNA的表达和蛋白质的翻译[4]

    环状RNA有几个显著的特征使它们具有成为人类疾病生物标志物的潜能:(1)稳定性:环状RNA分子缺乏的游离5'和3'末端共价闭环结构,具有抗核酸外切酶的RNaseR的能力[5-6]。血浆中环状RNA的平均半衰期超过48 h,远远长于mRNA 10 h的平均值[7],这使环状RNA相比线性RNA更稳定,更适合作为生物标志物。(2)普遍性:有研究认为环状RNA是分布在人类细胞中最普遍的分子[8-9]。(3)特异性:环状RNA以组织特异性和发育阶段特异性方式表达,这使其具有成为特定疾病的潜在生物标志物的能力[10]。许多研究也表明,环状RNA在癌组织和非癌组织之间有明显的差异表达[11]。(4)保守性:研究发现环状RNA在不同物种中具有进化保守性,这意味着在其他动物模型中鉴定的一些环状RNA生物标志物具有转化为人类临床应用的潜力[1, 12]

    环状RNA与线性RNA不同,不是通过RNA剪接的典型模式产生的[13]。环状RNA可以分为三类:外显子环状RNA(ecircRNA)、内含子环状RNA(ciRNA)、外显子-内含子环状RNA(EIciRNAs)[14]。Jeck等提出了两种不同的外显子环化模型,称为“套索驱动的环化”和“内含子驱动的环化”[3]。前一模型与“外显子跳跃”相关,其导致从剪接供体的3'末端到剪接受体的5'末端的共价剪接,产生含有外显子的套索结构。然后通过剪接体连接套索,并在移除内含子后形成ecircRNA。后者则认为侧翼内含子通过反向互补序列配对形成环状结构,然后剪切去除内含子并连接外显子,最终形成ecircRNA或EIciRNA[7, 15]。在随后的研究中,在人类细胞中发现了一种来自内含子的新型环状RNA即ciRNA,并提出了由于脱支失败导致ciRNA形成的新模型[4]

    在肿瘤的发生过程中,不同的miRNA分别有类似抑癌基因和原癌基因的作用[16]。Yang等[17]发现循环RNA circ-ITCH通过海绵状miR-17/miR-224抑制膀胱癌进展并调节p21、PTEN的表达; Zhang等[18]发现hsa_circ_0007534的沉默抑制了结肠直肠癌细胞的增殖并诱导细胞凋亡; Xu等[19]发现环状RNA hsa_circ_0001649可调节胆管癌的增殖、迁移和侵袭; Zhu等[20]证实通过调节miR-1324/FZD5/Wnt/β-catenin轴,circRNA circ_0067934可促进肝癌细胞的生长和转移。

    环状RNA可通过内源性竞争与miRNA上的靶位点结合,从而增强或抑制肿瘤细胞的增殖、分化和侵袭。Huang等[21]发现circRNA-100338与miR-141-3p结合,可调节乙型肝炎相关肝细胞癌; Han等[22]发现环状RNA circMTO1作为microRNA-9的海绵起到抑制肝细胞癌进展的作用。

    环状RNA因其数量多、稳定性好、组织特异性且易提取等特点,成为当前肿瘤界的研究热点。虽然还没有实际应用到疾病诊断中,但随着研究对象的深入及扩展,可以为肿瘤的治疗和预后提供更多的可能性。

    最近的研究表明,环状RNA可能在肺癌的发生发展和预后中起重要作用,可以作为肺癌的生物标志物[23-42]。在这些研究中,hsa_circ_0046264[23]、circRNA-FOXO3[24]、circ_0001649[25]、circRNF13[26]、cir-ITCH[27]被证实在肺癌组织中表达下调,而hsa_circ_0079530[28]、circRNA_100876[29]、hsa_circ_0007385[30]、hsa_circ_0014130[31]、hsa_circ_0012673[32]、circPRKCI[33]、circ_001569[34]、hsa_circ_0007534[35]、circMAN2B2[36]、hsa_circ_0000064[37]、circUBAP2[38]、hsa_circ RNA_103809[39]、circ-BANP[40]、hsa_circ_0013958[41]、circRNA_102231[42]则被证实在肺癌组织中表达上调,这些分子同时也被证实在肿瘤的诊断和预后或进程中具有生物标志物的作用。

    Li等[28]分析了92例NSCLC患者样本,发现hsa_circ_0079530在肺癌组织中表达显著上调(P < 0.01),其高表达在肿瘤大小(P=0.001)和淋巴结转移(P=0.038)中差异具有统计学意义,并且hsa_circ_0079530在NSCLC中的诊断ROC曲线下面积为0.756(95%CI: 0.649~0.864; P < 0.01),说明hsa_circ_0079530对肺癌的诊断具有一定的价值。hsa_circ_0013958[41]在49例患者的肺腺癌组织、细胞和血浆中的表达均显著上调,促进癌细胞增殖和侵袭,被认为是早期检测和筛查肺癌的潜在非侵入性生物标志物。circRNA_102231[42]和hsa_circ_0014130[31]也被证实在肺癌组织表达上调,且都具有对肺癌的潜在诊断价值。Zong等[42]对57例肺腺癌患者样本进行分析,诊断的ROC曲线下面积(AUC)为0.897,敏感度和特异性分别为81.2%和88.7%。Zhang等[31]对46例非小细胞肺癌患者进行分析,发现hsa_circ_0014130诊断的ROC曲线下面积为0.878,最佳截断值为0.573,敏感度和特异性分别为87.0%和84.8%。

    研究显示,差异表达的环状RNA与TNM分期系统有着密切联系,有望成为肺癌TNM分期的生物标志物[25-26, 28-29, 31, 33-35, 37, 40-41],见表 1

    表  1  环状RNA在肺癌TNM分期中的相关情况
    Table  1  Circular RNA in TNM staging of lung cancer
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    现阶段的研究中,差异表达的环状RNA与肺癌TNM分期中的N分期以及Ⅰ~Ⅱ期相关性较强,环状RNA的差异表达可能与肺癌的淋巴结受累情况有关。因此,环状RNA很有可能参与了肺癌的进展、转移,环状RNA也有望成为肺癌TNM分期的生物标志物。

    Liu等[39]发现hsa_circRNA_103809在肺癌组织中显著上调,进行Kaplan-Meier曲线分析,发现患者中hsa_circRNA_103809的较高表达与较低的存活率相关,说明hsa_circRNA_103809可作为肺癌预后的生物标志物。同时,另一项研究也发现[29],circRNA_100876在肺癌组织中的表达显著上调,并且具有高circRNA_100876表达的NSCLC患者的总存活时间显著短于具有低circRNA_100876表达的患者。circ-BANP[40]、circ_001569[34]、hsa_circ_0007534[35]也被证实可以作为NSCLC患者预后检测的潜在生物标志物。

    环状RNA与肺癌的侵袭和迁移的相关性较强,可能参与了肺癌侵袭和迁移相关的信号通路,影响了肺癌的侵袭和迁移[23-28, 30, 33-41],因此,环状RNA也有望成为肺癌治疗的靶点,成为肺癌治疗的生物标志物,见表 2

    表  2  环状RNA与肺癌细胞增殖、凋亡、侵袭和迁移的关系
    Table  2  Association between circular RNA and proliferation, apoptosis, invasion, migration of lung cancer cells
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    环状RNA大量的研究目前仍停留在基础研究中,尚缺乏转化性研究的报道。现阶段尚未将肺癌患者中差异表达的环状RNA或其他肺癌生物标志物进行联合研究。肺癌研究领域环状RNA研究利用的标本种类过于单一,大部分研究者采用的仍是肺癌患者的癌组织以及癌旁组织,目前尚缺乏大范围大样本的肺癌环状RNA研究。环状RNA也尚无统一的命名系统,极易出现不同领域学者在研究同一个环状RNA时采用不同的称呼,从而造成混乱。

    在临床应用方面,环状RNA也有更多研究价值,其闭合环结构在体液中更稳定,在血浆[43]、唾液[44-45]以及外泌体中都稳定存在[46-47],在多种疾病的发生发展中发挥重要作用,并且在肿瘤诊断、治疗和预后等方面有巨大潜能[48],因此具有成为诊断生物标志物的可能。环状RNA也有一些诊断方面的缺点:一些环状RNA需要患者的组织进行诊断,这会给患者带来创伤。其次,检测组织或外泌体中的环状RNA比现有检查更昂贵,限制了环状RNA作为生物标志物的广泛使用。虽然环状RNA的产生及其确定的功能尚不完全清楚,但随着环状RNA对肿瘤的影响机制的进一步研究,更多在肺癌中差异表达的环状RNA将被发现,未来将在疾病预防、诊断和治疗中发挥越来越重要的作用。

    Competing interests: The authors declare that they have no competing interests.
    作者贡献:
    周志朋:实验设计与实施、文章撰写、基金项目申请
    杨明珠:采集数据
    蔡明钦:实验实施、分析、解释数据
    薛娟娣:统计分析
    吕晓云:文章审阅、研究经费支持、文章指导
  • 图  1   药物-疾病共靶点蛋白互作网络图、差异基因热图

    Figure  1   Drug-disease co-targeting PPI and heat map of differential genes

    图  2   蛋白VEGFA与AS-Ⅳ的分子动力学模拟RMSD值、差异基因GO、KEGG富集分析

    Figure  2   Molecular dynamics simulation of protein VEGFA with AS-Ⅳ RMSD values, differential gene GO, KEGG enrichment analysis

    图  3   细胞增殖、迁移、侵袭、克隆检测

    Figure  3   Cell proliferation, migration, invasion and cloning detection

    图  4   AS-Ⅳ对HepG2凋亡、周期及核心基因表达的影响

    Figure  4   Effect of AS-Ⅳ on apoptosis (A, C), cell cycle (B, D) and core gene expression (E, F) of HepG2 cells

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出版历程
  • 收稿日期:  2021-12-30
  • 修回日期:  2022-04-17
  • 网络出版日期:  2024-01-12
  • 刊出日期:  2022-07-24

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