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基因组、转录组及表观基因组在肺癌中的联合分析

杨惠敏, 何斐, 胡志坚

杨惠敏, 何斐, 胡志坚. 基因组、转录组及表观基因组在肺癌中的联合分析[J]. 肿瘤防治研究, 2020, 47(9): 702-707. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1009
引用本文: 杨惠敏, 何斐, 胡志坚. 基因组、转录组及表观基因组在肺癌中的联合分析[J]. 肿瘤防治研究, 2020, 47(9): 702-707. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1009
YANG Huimin, HE Fei, HU Zhijian. Integrative Analysis of Genome, Transcriptome and Epigenome in Lung Cancer[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2020, 47(9): 702-707. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1009
Citation: YANG Huimin, HE Fei, HU Zhijian. Integrative Analysis of Genome, Transcriptome and Epigenome in Lung Cancer[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2020, 47(9): 702-707. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1009

基因组、转录组及表观基因组在肺癌中的联合分析

基金项目: 

国家重点研发计划精准医学研究重点专项2017年度项目 2017YFC0907100

国家自然科学基金 81402738

福建省高校杰出青年科研人才培育计划 2017B019

详细信息
    作者简介:

    杨惠敏(1994-),女,硕士,主要从事肿瘤流行病学研究

    通讯作者:

    胡志坚(1969-),男,博士,教授,主要从事肿瘤流行病学研究,E-mail: hzj99955888@126.com

  • 中图分类号: R734.2

Integrative Analysis of Genome, Transcriptome and Epigenome in Lung Cancer

Funding: 

National Key R & D Program of China 2017YFC0907100

National Natural Science Foundation of China 81402738

Fujian Provincial University Outstanding Young Scientific Research Talent Cultivation Plan 2017B019

More Information
  • 摘要:

    随着以第二代测序技术为代表的高通量测序技术的快速发展,当前全基因组检测技术可以检测到基因组、转录组和表观基因组等多个层面的数据。生命体是一个复杂的调控系统,涉及诸多层次的复杂调控机制,基于单一组学数据分析致病因子显得局限,而通过各组学之间线性或非线性关系等可以将三者联系在一起,进而对多组学数据进行整合分析,为疾病研究提供新的思路。多组学联合分析广泛应用于各疾病邻域,在肺癌中也已有较多研究,而DNA或基因分子水平作为分子之间关联和复杂网络研究的基础尤为重要,因此本文就肺癌的基因组、转录组及表观基因组三个基于基因水平组学的联合研究进展作简要综述。

     

    Abstract:

    With the rapid development of high-throughput sequencing technology represented by the second generation sequencing technology, whole-genome detection technology has been able to detect data from multiple levels, such as genome, transcriptome and epigenome. Biomass is a complicated regulatory system, involving many levels of complicated regulatory mechanism. Considering the limitation of single omics data analysis in exploring pathogenic factors, integrative multi-omics analysis with linear or nonlinear relationship can provide a new method for the study of the disease. Integrative analysis of multiple omics has widely used in various diseases, including lung cancer, and DNA or gene molecular level is particularly important as a basis for intermolecular correlations and complex networks. Hence, this paper briefly describes integrative analysis of genome, transcriptome and epigenome in lung cancer.

     

  • 食管癌是因消化道肿瘤死亡的主要原因之一,食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)约占全球食管癌的90%[1],因早期症状不明显,确诊时大部分患者已处于进展期,失去最佳根治手术时机,根治性同步放化疗(concurrent chemoradiotherapy, CCRT)是进展期ESCC的主要治疗方案[2]。临床实践中放化疗后的急性不良反应(acute adverse reactions, AAR)仍然困扰着医师和患者,且AAR随剂量的积累而增加,以中晚期患者为著[3]。铂类化疗通常会引起以血液学毒性和胃肠道毒性为主的不同类型急性不良反应,≥3级AAR可导致剂量减少、治疗延迟甚至终止放化疗,从而疗效不佳[4]。因此,个体化治疗方案有利于平衡疗效和AAR,使更多的患者获益。ESCC同步放化疗前CT检查既可评估肿瘤临床分期,亦可定量评估骨骼肌等身体成分变化[5]。有研究[2-6]表明骨骼肌量减少与多种癌症生存期缩短及治疗时AAR增加相关,去脂肪身体成分(主要为骨骼肌量)存在差异,放化疗后AAR亦不同,且大多数进展期ESCC患者因吞咽困难、疼痛、全身炎性反应和代谢率增加存在不同程度的骨骼肌量减少等,但进展期ESCC放化疗前肌肉减少症相关身体成分与同步放化疗AAR的关系仍存在争议。Dijksterhuis等[6]认为食管癌治疗前骨骼肌密度降低、肥胖型肌少症与3~4级剂量限制性毒性有关,而Ota等[7]发现治疗前骨骼肌减少症与化疗相关AAR无关;本研究目的是探讨进展期ESCC患者放化疗前骨骼肌减少症相关的身体成分变化与AAR、生存率的相关性。

    回顾性收集徐州市肿瘤医院2018年8月—2022年7月期间符合标准的患者。纳入标准:(1)经病理确诊且临床TNM分期Ⅱ期以上(AJCC第8版[2])、预行同步放化疗的进展期ESCC患者;(2)可检索到治疗前血清白蛋白及中性粒细胞与淋巴细胞比例,包括L3双侧横突层面的中上腹部CT、胸部CT;(3)美国东部肿瘤协作组评分标准≤2分且年龄 > 18岁,无主要器官功能障碍;排除肿瘤相关资料不全(如身高、体重、肿瘤治疗相关不良反应等)的患者。本研究通过徐州市肿瘤医院伦理委员会审批。

    同步放化疗前所有患者行胸部及上腹部能谱CT扫描(美国GE,Discovery CT-750HD),并将图像传输至工作站(ADW4.7,美国),根据文献描述方法[8],采用半自动化手工测量,以腰3横突为标志,在连续两层轴位图像上测量骨骼肌[(包括腰肌、椎旁肌(竖脊肌、腰方肌)和腹壁肌(腹横肌、内外斜肌、腹直肌)]和脂肪组织的横截面积(人工勾画腹壁肌肉、皮下脂肪、内脏脂肪边界,骨骼肌以-29~190 HU、皮下脂肪及肌肉间脂肪以-190~-30 HU、内脏脂肪以-150~-50 HU为阈值,软件自动算出骨骼肌、皮下脂肪、内脏间脂肪体积,再除以5 mm层厚),取两次平均值为骨骼肌面积(total muscle area, TMA)、皮下脂肪面积、内脏间脂肪面积,同时测量腰大肌的CT值,再通过公式:骨骼肌指数(skeletal muscle index, SMI)=TMA(cm2)/身高2(m2)、无脂骨骼肌量(fat-free mass, FFM, kg)=6.06+0.3×TMA(m2)、无脂体指数(fat-free mass index, FFMI)(kg/m2)=总FFM/身高2(m2)、脂肪量(fat mass, FM)(kg)=11.2+0.042×L3(皮下脂肪+内脏间脂肪量)、脂肪指数(fat mass index, FMI)(kg/m2)=总FM/身高2(m2[8],计算出SMI、FFMI、FMI;体表面积(body surface area, BSA)(m2)={[高度(cm)×体重(kg)]/3 600}1/2。以SMI < 55 cm2/m2(男)、SMI < 39 cm2/m2(女)为标准诊断肌肉减少症[8],本组病例分为肌少症组和非肌少症组。

    所有患者均接受三维适形调强放疗,参照食管造影、CT及胃镜显示食管癌病灶及阳性淋巴结情况勾画靶区,并适当修改邻近危险器官剂量,95%计划靶区处方剂量为56~64 Gy,1次/天,5次/周,1.8~2 Gy/次,28~32次完成,心脏、肺平均剂量分别≤30 Gy、15 Gy,脊髓最大剂量≤45 Gy。同步接受2周期FP方案化疗:5-Fu 450~500 mg/m2×5 d,顺铂25~30 mg/m2×(3~5)d;28 d为1周期;为消除混杂因素影响,对肌少症组和非肌少症组的1周期、2周期顺铂总剂量行统计学分析,结果显示肌少症组1周期、2周期顺铂总剂量分别为143.25(四分位数12.75)mg、142.50(四分位数14.75)mg和非肌少症组144.75(四分位数9.75)mg、143.00(四分位数10.13)mg,差异无统计学意义(Z=-1.140、-0.981, P=0.254、0.327)。

    根据CTCAE5.0版评价血液系统AAR(0~4级)[9],美国RTOG急性放射损伤分级标准评价急性放射性肺炎(0~4级)、急性放射性食管炎(0~4级)[10]

    通过查询电子病历或电话回访患者(或家属)或定期门诊复查,随访至食管癌进展或患者死亡或截止日期,以月作为随访单位,记录患者发生急性不良反应情况及生存情况。

    数据分析采用SPSS25.0及Graph Pad Prism8.0.1软件包。Fisher' s精确检验或χ2检验分析数据在肌少症组和非肌少症组间的差异。S-W检验对连续性数据行正态分布检验,再用独立样本t检验分析符合正态分布数据(x±s)及非参数检验分析不符合正态分布数据(中位数(四分位数))在两组间的差异。单因素分析筛选出与≥3级AAR有统计学意义的变量,Logistic回归模型进一步分析其影响因素。Kaplan-Meier法计算生存率及Log rank检验比较两组间生存率的差异。α=0.05(双尾)为检验水准。

    132例进展期ESCC患者(Ⅲ期35例、ⅣA期59例、ⅣB期38例)纳入本研究中,男93例、女39例,中位年龄64(四分位数6)岁,同步放化疗前65.9%(87/132)患者存在肌少症,中位年龄64(四分位数8)岁,34.1%(45/132)患者无肌少症,中位年龄64(四分位数9)岁;颈段及胸上段34例、胸中段51例、胸下段22例、食管胃交界处癌25例。FFMI与BSA呈中度相关(r=0.593, P < 0.001),见图 1。与非肌少症组相比,肌少症组SMI、BMI、FMI、FFMI和骨骼肌密度较低(P < 0.001、0.036、 < 0.001、0.001、0.026);但治疗前ECOG-PS、血清白蛋白、中性粒细胞淋巴细胞比值、肿瘤位置及临床分期在两组间比较差异均无统计学意义,见表 1

    图  1  同步放化疗前进展期ESCC患者体表面积和无脂骨骼肌量的相关性
    Figure  1  Relationship between body surface area and fat free mass in advanced ESCC patients before concurrent chemoradiotherapy
    表  1  进展期食管鳞癌患者的基本情况
    Table  1  Demographics of patients with advanced ESCC
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    132例进展期ESCC中,发生≥3级血液系统AAR为14例,≥3级放射性食管炎7例,≥3级放射性肺炎9例,4例同时发生≥3级血液系统AAR、放射性食管炎,2例同时发生≥3级血液系统AAR、放射性肺炎,1例同时发生≥3级放射性食管炎、放射性肺炎,最终23例发生≥3级总AAR,见表 2;与非肌少症组相比,肌少症组总AAR、血液系统AAR发生率高(P=0.045、0.034),见表 1

    表  2  进展期食管鳞状细胞癌同步放化疗急性不良反应情况
    Table  2  Acute adverse reactions in patients with advanced ESCC who received concurrent chemoradiotherapy
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    单因素、多因素分析显示SMI、肌肉减少症、脂肪指数、骨骼肌密度、骨骼肌总面积、无脂体指数、放疗剂量是发生≥3级AAR的影响因素,见表 3。32例患者化疗减量或暂停治疗,其中20例因AAR严重而致治疗依从性下降,8例因家庭经济原因而放弃继续治疗,4例未说明原因而放弃治疗;肌少症组的治疗依从性低于非肌少症组(P=0.035),见表 1

    表  3  进展期食管鳞癌同步放化疗≥3级急性不良反应影响单、多因素分析
    Table  3  Univariate and multivariate analyses of influencing factors of grade ≥3 AAR in patients with advanced ESCC who received concurrent chemoradiotherapy
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    从2018年8月随访至患者死亡或至2022年7月,9例患者失访,失访率为6.82%,随访时间15.68(12.46)月。肌少症组生存率为22.98%(20/87)低于非肌少症组40.00%(18/45)(χ2=4.187, P=0.041)。肌少症组中位生存期[16.01(95%CI: 14.89~17.13)月]低于无肌少症组[19.27(95%CI: 14.45~24.09)月](χ2=5.326, P=0.021),见图 2A。发生≥3级AAR的中位生存期[14.86(95%CI: 11.30~18.42)月]低于0~2级AAR[16.67(95%CI: 14.91~18.43)月](χ2=5.470, P=0.019),见图 2B。在发生≥3级AAR患者中行分层分析发现,肌少症组中位生存期[12.13(95%CI: 10.15~14.11)月]低于无肌少症组[18.69(95%CI: 12.85~21.88)月](χ2=4.466, P=0.035),见图 2C

    图  2  132例进展期食管鳞状细胞癌的生存分析曲线
    Figure  2  Survival curves of 132 patients with advanced ESCC
    A: survival curves of patients with advanced ESCC with or without sarcopenia before concurrent chemoradiotherapy; B: survival curves of patients with advanced ESCC with grade≥3 or 1-2 AAR of concurrent chemoradiotherapy; C: survival curves of advanced ESCC patients with grade≥3 grade AAR and sarcopenia or non-sarcopenia.

    本研究结果显示,肌少症患者身体成分变化(骨骼肌密度减低、骨骼肌总面积减少、脂肪量增多)与发生≥3级AAR的风险相关。进展期ESCC患者BMI均≥18.5 kg/m2,他们面临的风险与BMI < 18.5 kg/m2的患者不同,因为他们可能已经存在骨骼肌消耗,但是往往又被正常或较大的体质量和脂肪组织所掩盖。目前临床实际工作中根据患者体表面积确定化疗药物剂量,这部分患者被注射的化疗药物剂量相对增加,因为在相同身高和体质量的患者中,其体表面积相等,注射的化疗药物相等,但是5-Fu和铂类化疗药(包括顺铂、奥沙利铂和卡铂)都是亲水药物,分布到脂肪体组织(主要为骨骼肌组织)中并进行分解代谢[5]。肌少症患者的骨骼肌量减少,导致单位体积骨骼肌内的化疗药物剂量增高,发生≥3级AAR的风险(主要为血液系统不良反应)可能会增加,肥胖型肌少症患者发生风险可能会更高。因此定量评估身体组成成分(尤其去脂肪骨骼肌量)可作为指导进展期ESCC患者个性化化疗药物剂量的补充因素,尤其肥胖型肌少症患者。

    进展期ESCC患者放化疗前常规采用胸腹部CT检查评估肿瘤临床分期,本研究采用CT图像额外定量评估身体成分的变化具有高度客观性和可重复性,而且不增加患者辐射剂量及经济负担。如在L3双侧横突层面CT图像上以-190 HU~-30 HU为阈值测量肌肉间脂肪是评估肌肉脂肪变性的一种无创测量方法,与肌肉活检获得的肌肉内脂质含量相关性较好[11];肌肉CT值与肌肉密度具有良好相关性,肌肉密度越低反映肌肉内脂肪浸润越多[12];肌肉密度减低与肿瘤预后不良和生存率减低有关[13]。本组结果显示骨骼肌量减少、骨骼肌密度减低、脂肪增多是发生≥3级AAR的危险因素,肌少症和AAR同时存在的患者有生存期缩短的风险,与Ganju等[14]研究头颈部癌合并肌少症的结果相仿,发现37%头颈部癌合并肌少症接受放化疗后发生 > 1种AAR,以急性血液系统不良反应为著,45%的肌少症患者有化疗延迟、剂量减少或治疗中断,进一步导致生存期缩短。CT定量评估患者身体成分(骨骼肌密度、骨骼肌总面积、脂肪量)可成为临床营养护理过程的一部分,有利于及时发现肌少症患者,采取早期营养和体育运动等个体化的干预方案,遵守改良的运动计划有助于减轻骨骼肌消耗,有助于降低发生≥3级AAR的风险[5]

    本研究存在一定的局限性:因本研究采用回顾性设计,缺乏营养支持、体育锻炼和患者生活质量的信息,可能影响肌少症与≥3级AAR的关系;因本研究中≥3级的血液系统不良反应、放射性肺炎、放射性食管炎的患者数量较少,对其危险因素未单独进行统计学分析。此外,由于各种原因导致的食欲下降可能与≥3级AAR相互作用,未来研究需把治疗期间的食物摄入量、身体活动考虑在内。

    综上所述,CT可额外定量评估人体身体组成成分,发现肌少症相关的身体成分(骨骼肌量总面积的减少、骨骼肌密度减低、脂肪增多)与发生≥3级急性不良反应风险相关,把其考虑到化疗药物给药剂量中,可降低进展期ESCC患者同步放化疗的急性不良反应的发生率、改善其预后。

    Competing interests: The authors declare that they have no competing interests.
    作者贡献
    杨惠敏:查阅文献及撰写文章
    何斐副、胡志坚:选题及修改文章
  • 表  1   基因组、转录组及表观基因组联合分析的主要生物标志物

    Table  1   Major biomarkers of integrative analysis of genome, transcriptome and epigenome

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出版历程
  • 收稿日期:  2019-11-29
  • 修回日期:  2020-06-09
  • 网络出版日期:  2024-01-12
  • 刊出日期:  2020-09-24

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