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“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

陈宇, 张绪超, 郭伟浜, 颜文青, 谢至, 吕志异, 卢丹霞, 黄迎

陈宇, 张绪超, 郭伟浜, 颜文青, 谢至, 吕志异, 卢丹霞, 黄迎. “去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用[J]. 肿瘤防治研究, 2018, 45(1): 1-4. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2018.17.0954
引用本文: 陈宇, 张绪超, 郭伟浜, 颜文青, 谢至, 吕志异, 卢丹霞, 黄迎. “去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用[J]. 肿瘤防治研究, 2018, 45(1): 1-4. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2018.17.0954
CHEN Yu, ZHANG Xuchao, GUO Weibang, YAN Wenqing, XIE Zhi, LYU Zhiyi, LU Danxia, HUANG Ying. Important Role of Deduplication Method in Next Generation Sequencing Data Analysis of Non-small Cell Lung Cancer[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2018, 45(1): 1-4. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2018.17.0954
Citation: CHEN Yu, ZHANG Xuchao, GUO Weibang, YAN Wenqing, XIE Zhi, LYU Zhiyi, LU Danxia, HUANG Ying. Important Role of Deduplication Method in Next Generation Sequencing Data Analysis of Non-small Cell Lung Cancer[J]. Cancer Research on Prevention and Treatment, 2018, 45(1): 1-4. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2018.17.0954

“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

基金项目: 

广州市科技计划科学研究专项一般项目 201607010391

广东省科技计划公益研究与能力建设专项 2014A020212225

广东省科技计划应用型科技研发专项资金项目 2016B020237006

广东省人民医院院内临床研究专项 2014zh006

详细信息
    作者简介:

    陈宇(1987-),男,硕士,工程师,主要从事分子生物学和生物信息学研究

    通讯作者:

    张绪超,E-mail: zhxuchao3000@126.com

  • 中图分类号: R734.2

Important Role of Deduplication Method in Next Generation Sequencing Data Analysis of Non-small Cell Lung Cancer

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  • 摘要:
    目的 

    探讨“不去重”和“去重”两种方法分析后各NGS相关指标间的差异,研究“去重”在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用。

    方法 

    通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测,每例NGS检测数据分别进行“去重”和“不去重”两种方法的生物信息学分析,比较两种方法分析得到的NGS相关指标Mapped Reads(可比对上reads比例)、On Target(靶向区域reads比例)、Mean Depth(平均测序深度)以及Uniformity(均一性)等数据之间的差异。

    结果 

    “不去重”和“去重”两种方法分析得到平均Mapped Reads、On Target、Mean Depth和Uniformity值,各组指标间差异均有统计学意义(P < 0.001)。“去重”方法分析时,Mapped Reads、On Target和Mean Depth 3个指标均呈现出血浆样本与其他3种类型样本间(FFPE、穿刺和手术)差异有统计学意义,在Uniformity指标上则呈现出4种类型样本间差异均无统计学意义。而“不去重”方法分析后结果正好相反。

    结论 

    去除PCR扩增所致重复序列的“去重”步骤在NGS数据分析中具有重要的作用,能够改善结果均一性,真实反映所测样本的DNA模板数量及等位基因频率(AF值,allele frequency)。“去重”后结果更有助于临床决策。

     

    Abstract:
    Objective 

    To investigate the important role of deduplication method in next generation sequencing(NGS) data analysis by comparing the difference of indicators obtained from deduplication and duplication methods.

    Methods 

    Tumor samples of a cohort of 58 NSCLC patients were collected. A panel of 286 genes was tested by NGS. The NGS data were analyzed by de-duplication method and common duplication method, respectively. Indicators of "Mapped Reads, On Target, Mean Depth and Uniformity" were compared.

    Results 

    The differences of Mapped Reads, On Target, Mean Depth and Uniformity were statistically significant between two methods, respectively(P < 0.001). Mapped Reads and On Target and Mean Depth analyzed by de-duplication method were found significantly different between plasma sample and other three types of samples, ie., formalin fixed and paraffin embedded(FFPE) sample and puncture biopsy and surgical tissue sample; while Uniformity was generated without significant difference between the four types of samples. The results by duplication analysis were opposite.

    Conclusion 

    Deduplication step plays an important role in NGS data analysis, which could improve the Uniformity and reflect the real DNA template amount and allele frequency of genomic alterations. Deduplication result is helpful for clinical decision.

     

  • 反义寡核苷酸技术(antisense oligonucleotides, ASOs)又称反义技术,是指一种利用一段人工合成或表达的能与RNA或DNA互补结合的寡核苷酸链,抑制目的基因表达的技术[1-2],也可用于干扰肿瘤细胞中特定基因的表达,从而探讨肿瘤发生的机制和开发基因的治疗策略。近来研究显示,微小RNA-21(miR-21)与包括结直肠癌在内的多种肿瘤的发生密切相关[3-8],可能是肿瘤基因治疗的潜在新靶标[9-10]。我们在前期研究中发现,通过ASOs可显著下调人结肠癌SW620细胞中miR-21的表达,并抑制肿瘤的生长[11]。本研究中进一步利用人结肠癌HCT116细胞建立人结肠癌裸鼠实验动物模型,观察ASOs下调miR-21的效果及对人结肠癌细胞体内生长的效应,为开发基于ASOs技术的人结肠癌基因治疗策略提供实验基础。

    12只雌性BALB/c裸鼠,4~5周龄,体质量11~14 g左右,购自北京维通利华实验动物技术有限公司[实验动物许可证编号:SCXK(京)2011-0011],于遵义医学院SPF级免疫学实验室人工饲养。人结肠癌HCT116细胞株购自中国生命科学院,重组质粒p-miR-21-ASOs和对照质粒p-Cont均由本实验室保存。McCoy's 5A培养基、磷酸盐缓冲液(PBS)均购自北京索莱宝科技有限公司,优质胎牛血清购自美国Gibco公司,100×三抗(青霉素-链霉素-两性霉素B)购自上海第四制药股份有限公司;SYBR Premix Ex Taq,Premix Ex Taq Version2.0以及RNAisoTM Plus均购自北京宝日医生物技术有限公司;miR-21探针试剂盒购自美国ABI公司;RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit反转录合成试剂盒购自美国Fermentas公司;总RNA提取试剂盒购自北京天根科技有限公司,0.5%Triton-X-100(聚乙二醇辛基苯基醚)购自北京索莱宝科技有限公司;APC标记的兔抗小鼠Ki-67单克隆抗体、DAPI染液均购自美国ThermoFisher公司;兔抗p-Akt、Akt一抗以及兔抗ERK1/2、p-ERK1/2一抗、HRP标记的羊抗兔二抗均购自英国Abcam公司;全蛋白提取试剂盒购自江苏凯基生物公司;ECL显色液、RIPA裂解液、PVDF膜购自中国联科生物技术公司。

    按如下条件培养人结肠癌HCT116细胞株:人结肠癌HCT116细胞株在10%优质胎牛血清、100 u/ml青霉素、100 μg/ml链霉素、0.25 μg/ml两性霉素B及11.9 g/L McCoy's 5A细胞培养液中培养,将人结肠癌HCT116细胞株置于37℃、5%CO2的条件下培养,待HCT116细胞处于对数生长期时,使用0.25%胰蛋白酶37℃消化2 min,离心收集细胞,使用PBS重复清洗3次,计算细胞总数,利用PBS调整HCT116细胞密度为4.5×107个/毫升备用。

    4~5周龄裸鼠购回后先于本实验室SPF级环境下观察并饲养5~7 d。5~7 d天后小鼠饮食精神状况良好,随后接种100 μl密度为4.5×107个/毫升的人结肠癌HCT116细胞于裸鼠右侧腋窝外侧中部皮下,荷瘤后继续饲养并随时观察注射部位有无红肿溃烂、裸鼠的饮食、精神情况以及每只裸鼠荷瘤成功后的成瘤时间。接种后5~7 d出现肉眼可见的肿瘤包块时,即为荷瘤裸鼠模型构建成功。将实验荷瘤小鼠随机分为实验组(p-miR-21-ASOs组)和对照组(p-Cont组),每组6只,随后每隔4 d分别向两组荷瘤小鼠的肿瘤组织中注射100 μg p-Cont质粒和p-miR-21-ASOs质粒,共注射4次,并每隔3 d测量一次裸鼠皮下肿瘤体积。

    观察方法同前期工作[11]

    从-80℃超低温冰箱取出用75%冰乙醇固定好的冰冻组织切片,室温(15℃~25℃)平衡10 min,PBS缓冲液漂洗3次,每次5 min;山羊血清封闭液封闭1.5 h,PBS漂洗3次,每次10 min;加0.5%Triton-X-100,冰上破膜2 min,PBS漂洗3次,每次10 min;吸弃封闭液,滴加APC标记的兔抗小鼠单克隆Ki-67抗体后置于湿盒内,4℃冰箱避光过夜孵育,次日,取出冰冻切片肿瘤组织用PBS缓冲液漂洗3次,每次10 min;滴加DAPI染液,染色3 min,PBS漂洗3次,每次10 min;滴加含有DAPI染液的封片剂,封片并固定24 h后观察;激光共聚焦显微镜观察细胞染色情况,拍片。

    肿瘤组织中miR-21、细胞周期蛋白依赖性激酶(cyclin- dependent kinase, CDK)表达的检测同前期工作[11]

    蛋白样品的制备及BCA法定量蛋白的检测同前期工作[11]。Western blot检测相关信号通路的变化:(1)电泳:分离胶10%,积层胶5%,80 V跑积层胶,120 V跑分离胶;(2)上样:第一泳道Marker,其余泳道加提取的总蛋白;(3)转膜:PVD膜,36 V,180 min电转;(4)洗膜:用TBS或者PBS洗膜;5 min一次;(5)封闭:用含5%脱脂奶粉的TBST或者PBST封闭1 h;(6)加一抗:加入相关目的蛋白的一抗(稀释比例均为1:2 000),4℃过夜;(7)洗膜:次日用TBST或者PBST洗膜,10 min三次;(8)加二抗:加入HRP标记的相关目的蛋白的二抗(稀释比例均为1:2 000),室温孵育1 h;(9)用PBST洗膜,10 min×3次;(10)用发光试剂(ECl)对膜进行处理,于发光仪上进行蛋白曝光检测。

    实验数据使用GraphPad Prism 5软件进行统计学分析。本研究中各实验数据均独立重复3次,结果以(x±s)表示。其中组间比较采用t检验或单因素方差分析,P < 0.05为差异有统计学意义。

    结果显示,与p-Cont组相比,p-miR-21-ASOs组皮下肿瘤生长显著延缓,且肿瘤组织的体积、大小、重量都明显减小,差异有统计学意义,见图 1

    图  1  重组质粒注射后裸鼠皮下种植瘤的肿瘤体积(A)、大小(B)和重量(C)变化
    Figure  1  Tumor volume(A), size(B) and weight(C) in nude mice after subcutaneous injection of recombinant plasmid
    *: P < 0.05 (P0 day=0.0341, P6 day=0.0202, P9 day=0.0177, P12 day=0.0101); **: P < 0.01(P15 day=0.0024, P18 day=0.0010)

    HE染色显示:p-Cont组肿瘤细胞形态不一,细胞核深染且核呈多形性,核质比加大;而p-miR-21-ASOs组则可见肿瘤组织大面积坏死,见图 2

    图  2  重组质粒局部注射荷瘤裸鼠后肿瘤组织HE染色结果(×400)
    Figure  2  HE staining results of tumor tissues after local injection of recombinant plasmid into xenograft tumor in nude mice (×400)

    结果显示:与p-Cont组相比,p-miR-21-ASOs组肿瘤组织中miR-21的表达水平显著下调,且差异有统计学意义(P < 0.05),见图 3

    图  3  Real-time PCR探针法检测肿瘤组织中miR-21的表达
    Figure  3  Expression of miR-21 in tumor tissues detected by real-time PCR

    免疫荧光共聚焦观察发现:相比于p-Cont组,p-miR-21-ASOs组肿瘤组织中Ki-67的表达水平明显减少(P < 0.01),见图 4

    图  4  p-miR-21-ASOs重组质粒注射荷瘤裸鼠后激光共聚焦检测肿瘤组织中Ki-67的表达
    Figure  4  Expression level of Ki-67 protein after injection of p-miR-21-ASOs recombinant plasmid into xenograft tumor in nude mice detected by immunofluorescence technique

    结果显示:与p-Cont组相比,p-miR-21-ASOs组肿瘤细胞生长周期相关的周期蛋白依赖性激酶CDK2、CDK3、CDK4以及CDK6的表达水平均明显下调,差异有统计学意义(P < 0.05, P < 0.001),见图 5

    图  5  实时荧光定量PCR法检测肿瘤组织中CDKs的表达
    Figure  5  Expression of CDKs in tumor tissues detected by real-time fluorescent quantitative PCR
    **: P < 0.05(PCDK3=0.0308, PCDK6=0.0252); ***: P < 0.001(PCDK2=0.0001, PCDK4=0.0003)

    结果显示:与p-Cont组相比,p-miR-21-ASOs组中p-ERK1/2,p-Akt的蛋白表达水平明显降低(P < 0.05, P < 0.01),见图 6

    图  6  Western blot检测肿瘤组织中总Akt、ERK1/2和Akt、ERK1/2磷酸化的水平
    Figure  6  Expression levels of total Akt, ERK1/2, p-Akt and p-ERK1/2 in tumor tissues analyzed by Western blot
    *: Pp-Akt=0.0440, **: Pp-ERK1/2=0.0095, compared with p-Cont group

    近来的研究发现,ASOs技术可广泛用于多种临床疾病发生机制探讨和治疗策略开发[12-18]。对于肿瘤基因治疗来说,利用ASOs技术干预特定基因表达来影响肿瘤生长方面的研究也取得了重要进展[19-20]。我们在新近工作中也发现利用真核载体过表达ASOs干预miR-21表达可显著抑制人结肠癌SW620细胞的体内生长[11]。本研究中,我们进一步发现,真核载体过表达ASOs也可有效抑制人结肠癌HCT116细胞中miR-21的表达,同时肿瘤细胞体内生长受到抑制。范钰等[21]用ASOs下调人喉癌Hep-2细胞中miR-21的表达,发现肿瘤细胞的生长、侵袭能力明显减弱。吴子晏等[22]研究发现ASOs干预miR-21联合顺铂在体内、外能显著抑制人骨肉瘤MG-63细胞生长,并促进细胞凋亡,显示了一定的治疗效应。这些研究结果提示,利用ASOs技术干预miR-21表达可能是一种能有效影响特定肿瘤生长的手段,为后续开发基于ASOs的人结肠癌基因治疗策略提供了重要工作基础。

    研究显示,miR-21可通过对多种靶分子和信号途径传递的调节来调控人结肠癌的生长[23-28]。在前期工作中,我们也发现ASOs下调miR-21表达后,肿瘤细胞生长相关信号途径Akt和ERK1/2明显改变,与其靶分子PTEN的表达变化有关[4, 10]。本研究进一步发现ASOs下调miR-21表达后,肿瘤组织存在坏死,肿瘤细胞的增殖能力明显减弱,同时,肿瘤组织中p-Akt和p-ERK1/2等蛋白的表达水平均明显下调,进一步提示了miR-21对Akt和ERK1/2等信号途径的调控作用。现已知,细胞内CDKs家族分子的表达改变与肿瘤细胞生长相关。本研究也发现肿瘤细胞内CDKs家族成员表达水平显著减低。鉴于已有的研究表明,肿瘤细胞生长相关信号途径Akt和ERK1/2与细胞内CDKs家族成员表达间存在密切联系[29-31]。因此,推测ASOs干预miR-21表达后对人结肠癌细胞体内生长的抑制效应机制,包括肿瘤组织坏死的变化,与Akt和ERK1/2等信号途径传递改变,进而影响CDKs家族分子的表达有关。然而,鉴于不同实验条件的差异性,ASOs下调miR-21后抑制人结肠癌细胞体内生长的确切分子机制仍有待后续研究阐明。

    总之,本研究发现ASOs可显著下调人结肠癌动物模型中肿瘤组织miR-21的表达,同时肿瘤体内生长受到明显抑制,该效应与Akt和ERK1/2等信号途径传递变化有关,为后续深入探讨miR-21调控肿瘤生长的分子机制,以及开发基于ASOs技术的人结肠癌基因治疗策略提供前期实验基础。

  • 图  1   NGS数据两种方法分析后相关指标差异比较

    Figure  1   Differences of NGS-related indicators between duplication and de-duplication methods

    表  1   不去重方法分析的NGS相关指标在4种类型样本间差异关系

    Table  1   Expression of NGS-related indicators in four types of samples analyzed by duplication method

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    表  2   去重方法分析的NGS相关指标在4种类型样本间差异关系

    Table  2   The correlation of NGS related indicators in four types of samples analyzed by de-duplication method

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    表  3   两种方法分析后EGFR、KRAS基因变异AF值差异表

    Table  3   Allele frequency(AF) of EGFR and KRAS gene analyzed by de-duplication and duplication methods

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出版历程
  • 收稿日期:  2017-08-06
  • 修回日期:  2017-11-15
  • 网络出版日期:  2024-01-12
  • 刊出日期:  2018-01-24

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